पशुपन्छी अनुसन्धान विकास तथा प्रशिक्षण केन्द्रको मुख्य उद्देश्य वैज्ञानिक अनुसन्धान र नवीन प्रविधिको प्रयोगमार्फत पशुपन्छी तथा मत्स्य क्षेत्रको उत्पादकत्व बढाई प्रादेशिक आत्मनिर्भरता हाँसिल गर्नु हो। यसले पशु स्वास्थ्य सुरक्षा, रोग नियन्त्रण र दक्ष जनशक्ति विकासका माध्यमबाट व्यावसायिकरण र उद्यमशीलतालाई प्रोत्साहन गर्दै कृषकको आयआर्जनमा वृद्धि, पोषण सुधार र आयात प्रतिस्थापनमा महत्त्वपूर्ण योगदान पुर्याउने लक्ष्य राखेको छ।